У рано јутро 29. јула 1878. године, преко понтонског моста код Босанског Брода почеле су да прелазе прве аустроугарске јединице. Дунавска монархија очекивала је готово парадни улазак у Босну и Херцеговину, али су је уместо добродошлице сачекали оружани отпор, заседе и борбе које су потрајале скоро три месеца. Одлука великих сила у Берлину отворила је Бечу врата Босне, али је истовремено затворила једну од највећих нада српског народа – да ће устанак против Османлија довести до ослобођења и народног уједињења.
Чланом 25 Берлинског уговора Аустроугарској је дато право да окупира и управља Босном и Херцеговином, док је покрајина формално остала под врховном влашћу султана. Беч је добио и право да држи гарнизоне и користи путеве у деловима Новопазарског санџака, између Србије и Црне Горе. Зато није сасвим прецизно рећи да је читав Санџак био припојен Монархији: аустроугарске јединице држале су првенствено Пљевља, Прибој и Пријепоље, а повукле су се 1908. године.
Прелазак је почео око пола шест ујутру. У првом таласу код Брода нашло се приближно 18.000 војника са коњицом и артиљеријом. Генерал Јосип Филиповић очекивао је да ће операција бити завршена брзо, али су се муслимански устаници, делови некадашњих османских снага, а на појединим местима и православни Срби, супротставили новој власти. Отпор је био нарочито снажан код Маглаја, Тузле, Добоја и Сарајева.
Сарајево је заузето 19. августа, после тешких уличних борби, али ни тада поход није био завршен. Беч је морао да пошаље знатна појачања, па је у операцији на крају учествовало више од 150.000 војника. Окупација је војно окончана тек 20. октобра 1878. године. Аустроугарска је тако показала да одлука потписана за дипломатским столом у Берлину није значила и пристанак народа над чијом је земљом одлучено.
У Србији је вест примљена са разочарањем и зебњом. Јавност је претходне три године пратила устанак у Херцеговини и Босанској Крајини, прикупљала помоћ за избеглице и устанике и у тим догађајима видела почетак коначног ослобођења српског народа западно од Дрине. Уместо ослобођења, на граници Србије појавила се велика европска сила.
Званични Београд, међутим, није имао простора за отворен сукоб. Србија је управо изашла из два рата са Османским царством, била војно и финансијски исцрпљена, а на Берлинском конгресу борила се за међународно признање независности и територијално проширење. Јован Ристић је морао да води крајње опрезну политику: Аустроугарска је подржала део српских захтева, али је заузврат тражила привредно и политичко везивање Србије за Беч, изградњу железничке везе и одустајање од активног деловања у Босни.
Због тога се разликовао тон народа и штампе од тона државне политике. Међу образованом јавношћу окупација је доживљавана као замена једног господара другим и као препрека уједињењу Срба. Влада није била задовољна доласком Аустроугарске на Дрину, али је избегла протест који би могао угрозити резултате Берлинског конгреса. Тај опрез ће убрзо прерасти у још снажнију зависност за време кнеза Милана Обреновића и Тајне конвенције из 1881. године.
Међу Србима у тадашњој јужној Угарској, на простору данашње Војводине, расположење је било још сложеније. Нови Сад, Сремски Карловци, Панчево и друга српска средишта годинама су помагали устанички покрет, прикупљали новац и пратили догађаје преко „Заставе“. За многе пречанске Србе Босна није била удаљена покрајина већ део истог националног питања.
Међутим, они су живели унутар државе која је управо извршавала окупацију. Отворени протест носио је опасност од полицијског прогона, суђења и забране штампе. Историчари указују да су угарске власти престиж стечен окупацијом искористиле за додатни притисак на Српску народну слободоумну странку. Тако је спољнополитичка победа Беча постала и средство за слабљење српског опозиционог покрета у Угарској.
Највећи српски првак у Монархији, Светозар Милетић, није могао јавно да поведе отпор 1878. године – налазио се у затвору, оптужен за велеиздају управо због националног рада и веза са устаничким покретом. Ухапшен је још 1876, а на слободу је изашао тек у новембру 1879. Ипак, његова ранија дела, нарочито „Источно питање“, као и програм странке коју је предводио, недвосмислено су одбацивали право Беча да заузме место Османлија и заустави ослобођење балканских народа. Милетићево одсуство у пресудном часу није било случајност – уклањањем најутицајнијег српског политичара у Угарској власт је унапред утишала најопаснији глас против своје балканске политике.
Међу значајним критичарима бечке политике били су и Милетићеви политички саборци, пре свега Михаило Полит-Десанчић, који је решење источног питања видео у сарадњи и ослобођењу балканских народа, а не у ширењу Хабзбуршке монархије. Насупрот њима, поједини српски конзервативни и дворски кругови у Београду сматрали су да Србија мора привремено да се помири са новим односом снага. Никола Пашић и радикали касније ће управо одрицање од Босне и везивање за Беч наводити као доказ да је политика кнеза Милана напустила српске националне интересе.
Аустроугарска је током наредних деценија у Босни градила путеве, пруге и управу, али политичко питање није било затворено. Берлински уговор дао јој је право окупације и администрације, не и неспорно право да покрајину трајно присвоји. Када је 1908. године једнострано прогласила анексију, променила је међународноправни положај Босне и Херцеговине и изазвала велику европску кризу. Реакција у Србији тада је била много отворенија него 1878: одржавани су масовни протести, штампа је тражила одлучан одговор, а анексија је доживљена као коначно отимање земље у којој је живело бројно српско становништво.
Догађај од 29. јула 1878. зато није био само промена управе. Тог јутра преко Саве је прешла војска једне велике силе, али је са њом стигла и политика која ће наредних четрдесет година покушавати да потисне српску националну идеју западно од Дрине. Београд је морао да ћути, Нови Сад је био притиснут цензуром и затварањем првака, али је у српској јавности остала свест да Берлински конгрес није решио босанско питање – само га је одложио и учинио још опаснијим.
