U rano jutro 29. jula 1878. godine, preko pontonskog mosta kod Bosanskog Broda počele su da prelaze prve austrougarske jedinice. Dunavska monarhija očekivala je gotovo paradni ulazak u Bosnu i Hercegovinu, ali su je umesto dobrodošlice sačekali oružani otpor, zasede i borbe koje su potrajale skoro tri meseca. Odluka velikih sila u Berlinu otvorila je Beču vrata Bosne, ali je istovremeno zatvorila jednu od najvećih nada srpskog naroda – da će ustanak protiv Osmanlija dovesti do oslobođenja i narodnog ujedinjenja.
Članom 25 Berlinskog ugovora Austrougarskoj je dato pravo da okupira i upravlja Bosnom i Hercegovinom, dok je pokrajina formalno ostala pod vrhovnom vlašću sultana. Beč je dobio i pravo da drži garnizone i koristi puteve u delovima Novopazarskog sandžaka, između Srbije i Crne Gore. Zato nije sasvim precizno reći da je čitav Sandžak bio pripojen Monarhiji: austrougarske jedinice držale su prvenstveno Pljevlja, Priboj i Prijepolje, a povukle su se 1908. godine.
Prelazak je počeo oko pola šest ujutru. U prvom talasu kod Broda našlo se približno 18.000 vojnika sa konjicom i artiljerijom. General Josip Filipović očekivao je da će operacija biti završena brzo, ali su se muslimanski ustanici, delovi nekadašnjih osmanskih snaga, a na pojedinim mestima i pravoslavni Srbi, suprotstavili novoj vlasti. Otpor je bio naročito snažan kod Maglaja, Tuzle, Doboja i Sarajeva.
Sarajevo je zauzeto 19. avgusta, posle teških uličnih borbi, ali ni tada pohod nije bio završen. Beč je morao da pošalje znatna pojačanja, pa je u operaciji na kraju učestvovalo više od 150.000 vojnika. Okupacija je vojno okončana tek 20. oktobra 1878. godine. Austrougarska je tako pokazala da odluka potpisana za diplomatskim stolom u Berlinu nije značila i pristanak naroda nad čijom je zemljom odlučeno.
U Srbiji je vest primljena sa razočaranjem i zebnjom. Javnost je prethodne tri godine pratila ustanak u Hercegovini i Bosanskoj Krajini, prikupljala pomoć za izbeglice i ustanike i u tim događajima videla početak konačnog oslobođenja srpskog naroda zapadno od Drine. Umesto oslobođenja, na granici Srbije pojavila se velika evropska sila.
Zvanični Beograd, međutim, nije imao prostora za otvoren sukob. Srbija je upravo izašla iz dva rata sa Osmanskim carstvom, bila vojno i finansijski iscrpljena, a na Berlinskom kongresu borila se za međunarodno priznanje nezavisnosti i teritorijalno proširenje. Jovan Ristić je morao da vodi krajnje opreznu politiku: Austrougarska je podržala deo srpskih zahteva, ali je zauzvrat tražila privredno i političko vezivanje Srbije za Beč, izgradnju železničke veze i odustajanje od aktivnog delovanja u Bosni.
Zbog toga se razlikovao ton naroda i štampe od tona državne politike. Među obrazovanom javnošću okupacija je doživljavana kao zamena jednog gospodara drugim i kao prepreka ujedinjenju Srba. Vlada nije bila zadovoljna dolaskom Austrougarske na Drinu, ali je izbegla protest koji bi mogao ugroziti rezultate Berlinskog kongresa. Taj oprez će ubrzo prerasti u još snažniju zavisnost za vreme kneza Milana Obrenovića i Tajne konvencije iz 1881. godine.
Među Srbima u tadašnjoj južnoj Ugarskoj, na prostoru današnje Vojvodine, raspoloženje je bilo još složenije. Novi Sad, Sremski Karlovci, Pančevo i druga srpska središta godinama su pomagali ustanički pokret, prikupljali novac i pratili događaje preko „Zastave“. Za mnoge prečanske Srbe Bosna nije bila udaljena pokrajina već deo istog nacionalnog pitanja.
Međutim, oni su živeli unutar države koja je upravo izvršavala okupaciju. Otvoreni protest nosio je opasnost od policijskog progona, suđenja i zabrane štampe. Istoričari ukazuju da su ugarske vlasti prestiž stečen okupacijom iskoristile za dodatni pritisak na Srpsku narodnu slobodoumnu stranku. Tako je spoljnopolitička pobeda Beča postala i sredstvo za slabljenje srpskog opozicionog pokreta u Ugarskoj.
Najveći srpski prvak u Monarhiji, Svetozar Miletić, nije mogao javno da povede otpor 1878. godine – nalazio se u zatvoru, optužen za veleizdaju upravo zbog nacionalnog rada i veza sa ustaničkim pokretom. Uhapšen je još 1876, a na slobodu je izašao tek u novembru 1879. Ipak, njegova ranija dela, naročito „Istočno pitanje“, kao i program stranke koju je predvodio, nedvosmisleno su odbacivali pravo Beča da zauzme mesto Osmanlija i zaustavi oslobođenje balkanskih naroda. Miletićevo odsustvo u presudnom času nije bilo slučajnost – uklanjanjem najuticajnijeg srpskog političara u Ugarskoj vlast je unapred utišala najopasniji glas protiv svoje balkanske politike.
Među značajnim kritičarima bečke politike bili su i Miletićevi politički saborci, pre svega Mihailo Polit-Desančić, koji je rešenje istočnog pitanja video u saradnji i oslobođenju balkanskih naroda, a ne u širenju Habzburške monarhije. Nasuprot njima, pojedini srpski konzervativni i dvorski krugovi u Beogradu smatrali su da Srbija mora privremeno da se pomiri sa novim odnosom snaga. Nikola Pašić i radikali kasnije će upravo odricanje od Bosne i vezivanje za Beč navoditi kao dokaz da je politika kneza Milana napustila srpske nacionalne interese.
Austrougarska je tokom narednih decenija u Bosni gradila puteve, pruge i upravu, ali političko pitanje nije bilo zatvoreno. Berlinski ugovor dao joj je pravo okupacije i administracije, ne i nesporno pravo da pokrajinu trajno prisvoji. Kada je 1908. godine jednostrano proglasila aneksiju, promenila je međunarodnopravni položaj Bosne i Hercegovine i izazvala veliku evropsku krizu. Reakcija u Srbiji tada je bila mnogo otvorenija nego 1878: održavani su masovni protesti, štampa je tražila odlučan odgovor, a aneksija je doživljena kao konačno otimanje zemlje u kojoj je živelo brojno srpsko stanovništvo.
Događaj od 29. jula 1878. zato nije bio samo promena uprave. Tog jutra preko Save je prešla vojska jedne velike sile, ali je sa njom stigla i politika koja će narednih četrdeset godina pokušavati da potisne srpsku nacionalnu ideju zapadno od Drine. Beograd je morao da ćuti, Novi Sad je bio pritisnut cenzurom i zatvaranjem prvaka, ali je u srpskoj javnosti ostala svest da Berlinski kongres nije rešio bosansko pitanje – samo ga je odložio i učinio još opasnijim.
